Στόχος του τμήματος Φυσικοθεραπείας είναι η καλλιέργεια αναλυτικής και κριτικής σκέψης και η υποστήριξη των φοιτητών για ενεργό συμμετοχή στη διεργασία της μάθησης, η οποία αποτελεί μία συνεχή δια βίου εκπαίδευση ώστε να μπορούν να εργασθούν ως αυτόνομοι επαγγελματίες και ως μέλη της ομάδας υγείας και να μπορούν με επάρκεια να προβαίνουν σε θεραπευτικές πράξεις που αφορούν την πρόληψη και αποκατάσταση του ασθενούς. Επιπλέον, το Τμήμα στοχεύει στην εφαρμογή σύγχρονων, τεκμηριωμένων μεθόδων διδασκαλίας στην τριτοβάθμια εκπαίδευση όπως η συνεργατική διαδικασία επίλυσης προβλημάτων (problem based learning) ή οι μέθοδοι προσομοίωσης (simulation) ενώ δύναται να υποστηρίζει τις ανάγκες των φοιτητών/τριών με αναπηρία και/ ή ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες μέσω της υπηρεσίας ΠΡΟΣΒΑΣΗΣ του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Στόχοι με υψηλή προτεραιότητα στην πολιτική ανάπτυξης του Τμήματος αποτελούν και η ερευνητική δραστηριότητα καθώς και η περαιτέρω εξειδίκευση μέσω μεταπτυχιακών και διδακτορικών σπουδών. Τέλος, το Τμήμα Φυσικοθεραπείας έχει στόχο την εξωστρέφεια συνεισφέροντας με δράσεις τόσο σε τοπικό όσο και Εθνικό επίπεδο με συμμετοχή τόσο των προπτυχιακών όσο και μεταπτυχιακών του φοιτητών.